MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Coding Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS_046

Total Repeats: 3563

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007385	TGC	2	6	314	319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314840
2	NC_007385	CCG	2	6	415	420	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74314840
3	NC_007385	TTC	2	6	423	428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74314840
4	NC_007385	CAA	2	6	433	438	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314840
5	NC_007385	GTCA	2	8	499	506	25 %	25 %	25 %	25 %	74314839
6	NC_007385	AAT	2	6	728	733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314839
7	NC_007385	TTG	2	6	774	779	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74314839
8	NC_007385	TCA	2	6	806	811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314839
9	NC_007385	GAT	2	6	928	933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314839
10	NC_007385	ATA	2	6	1257	1262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314841
11	NC_007385	A	6	6	1271	1276	100 %	0 %	0 %	0 %	74314841
12	NC_007385	TCA	2	6	1278	1283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314841
13	NC_007385	AGC	2	6	1298	1303	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314841
14	NC_007385	T	7	7	1309	1315	0 %	100 %	0 %	0 %	74314841
15	NC_007385	GA	3	6	1318	1323	50 %	0 %	50 %	0 %	74314841
16	NC_007385	ATG	2	6	1342	1347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314841
17	NC_007385	TCTA	2	8	1349	1356	25 %	50 %	0 %	25 %	74314841
18	NC_007385	ACA	2	6	1364	1369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314841
19	NC_007385	A	6	6	1423	1428	100 %	0 %	0 %	0 %	74314841
20	NC_007385	TAA	2	6	1486	1491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314841
21	NC_007385	ATG	3	9	1495	1503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314841
22	NC_007385	TGC	3	9	1514	1522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314841
23	NC_007385	A	7	7	1535	1541	100 %	0 %	0 %	0 %	74314841
24	NC_007385	TAA	2	6	1583	1588	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314841
25	NC_007385	TCA	2	6	1622	1627	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314841
26	NC_007385	ACAA	2	8	1658	1665	75 %	0 %	0 %	25 %	74314841
27	NC_007385	CTG	2	6	1771	1776	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314841
28	NC_007385	TCTT	2	8	1781	1788	0 %	75 %	0 %	25 %	74314841
29	NC_007385	CT	3	6	1799	1804	0 %	50 %	0 %	50 %	74314841
30	NC_007385	T	7	7	1808	1814	0 %	100 %	0 %	0 %	74314841
31	NC_007385	A	7	7	1844	1850	100 %	0 %	0 %	0 %	74314841
32	NC_007385	CTG	2	6	1969	1974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314841
33	NC_007385	AAG	2	6	1994	1999	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74314841
34	NC_007385	TAT	2	6	2018	2023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74314841
35	NC_007385	TAA	2	6	2024	2029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314841
36	NC_007385	TCT	2	6	2388	2393	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74314842
37	NC_007385	T	6	6	2393	2398	0 %	100 %	0 %	0 %	74314842
38	NC_007385	CAA	2	6	2464	2469	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314842
39	NC_007385	CCG	2	6	2497	2502	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74314842
40	NC_007385	AGT	2	6	2520	2525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314842
41	NC_007385	CGCT	2	8	2560	2567	0 %	25 %	25 %	50 %	74314842
42	NC_007385	TAC	2	6	2608	2613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314842
43	NC_007385	GTT	2	6	2688	2693	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74314842
44	NC_007385	TAC	2	6	2702	2707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314842
45	NC_007385	TTAT	2	8	2771	2778	25 %	75 %	0 %	0 %	74314842
46	NC_007385	TTGG	2	8	2855	2862	0 %	50 %	50 %	0 %	74314842
47	NC_007385	GTT	2	6	3007	3012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74314842
48	NC_007385	ATA	2	6	3023	3028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314842
49	NC_007385	A	6	6	3061	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	74314842
50	NC_007385	GAA	2	6	3073	3078	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74314842
51	NC_007385	AT	3	6	3452	3457	50 %	50 %	0 %	0 %	74314843
52	NC_007385	T	6	6	3498	3503	0 %	100 %	0 %	0 %	74314843
53	NC_007385	A	6	6	3507	3512	100 %	0 %	0 %	0 %	74314843
54	NC_007385	CATTG	2	10	3539	3548	20 %	40 %	20 %	20 %	74314843
55	NC_007385	ACGA	2	8	3757	3764	50 %	0 %	25 %	25 %	74314844
56	NC_007385	CCAT	2	8	3781	3788	25 %	25 %	0 %	50 %	74314844
57	NC_007385	AC	3	6	3792	3797	50 %	0 %	0 %	50 %	74314844
58	NC_007385	GACT	2	8	3817	3824	25 %	25 %	25 %	25 %	74314844
59	NC_007385	ATGCTG	2	12	3828	3839	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74314844
60	NC_007385	CTG	2	6	3878	3883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314844
61	NC_007385	CTG	2	6	4068	4073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314844
62	NC_007385	CGC	2	6	4125	4130	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74314844
63	NC_007385	TG	3	6	4151	4156	0 %	50 %	50 %	0 %	74314844
64	NC_007385	GCA	2	6	4212	4217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314844
65	NC_007385	ATGAAG	2	12	4264	4275	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	74314844
66	NC_007385	GGT	2	6	4337	4342	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74314844
67	NC_007385	TG	3	6	4410	4415	0 %	50 %	50 %	0 %	74314844
68	NC_007385	GGC	2	6	4416	4421	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74314844
69	NC_007385	TCA	2	6	4444	4449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314844
70	NC_007385	CTG	2	6	4452	4457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314844
71	NC_007385	GCTG	2	8	4546	4553	0 %	25 %	50 %	25 %	74314844
72	NC_007385	GGCA	2	8	4627	4634	25 %	0 %	50 %	25 %	74314844
73	NC_007385	ATC	2	6	4657	4662	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314844
74	NC_007385	A	6	6	4689	4694	100 %	0 %	0 %	0 %	74314844
75	NC_007385	A	6	6	5495	5500	100 %	0 %	0 %	0 %	74314845
76	NC_007385	TATT	2	8	5511	5518	25 %	75 %	0 %	0 %	74314845
77	NC_007385	T	7	7	5532	5538	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
78	NC_007385	TCT	2	6	5541	5546	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74314845
79	NC_007385	TAT	2	6	5593	5598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74314845
80	NC_007385	TAC	2	6	5635	5640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314845
81	NC_007385	TTA	2	6	5669	5674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74314845
82	NC_007385	T	6	6	5720	5725	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
83	NC_007385	T	6	6	5804	5809	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
84	NC_007385	ATA	2	6	5814	5819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
85	NC_007385	TA	3	6	5827	5832	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
86	NC_007385	G	6	6	5843	5848	0 %	0 %	100 %	0 %	74314845
87	NC_007385	TG	3	6	5887	5892	0 %	50 %	50 %	0 %	74314845
88	NC_007385	AAC	2	6	5912	5917	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314845
89	NC_007385	AAT	2	6	5933	5938	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
90	NC_007385	ACT	2	6	5953	5958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314845
91	NC_007385	TTA	2	6	5969	5974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74314845
92	NC_007385	TGCAA	2	10	6017	6026	40 %	20 %	20 %	20 %	74314845
93	NC_007385	A	6	6	6025	6030	100 %	0 %	0 %	0 %	74314845
94	NC_007385	GCA	2	6	6191	6196	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314845
95	NC_007385	AAT	2	6	6259	6264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
96	NC_007385	TA	3	6	6289	6294	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
97	NC_007385	ATA	2	6	6390	6395	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
98	NC_007385	AT	3	6	6424	6429	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
99	NC_007385	TGTT	2	8	6471	6478	0 %	75 %	25 %	0 %	74314845
100	NC_007385	ATC	2	6	6550	6555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314845
101	NC_007385	A	7	7	6556	6562	100 %	0 %	0 %	0 %	74314845
102	NC_007385	AAC	2	6	6655	6660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314845
103	NC_007385	TGG	2	6	6710	6715	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74314845
104	NC_007385	T	8	8	6755	6762	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
105	NC_007385	A	8	8	6771	6778	100 %	0 %	0 %	0 %	74314845
106	NC_007385	TAA	2	6	6783	6788	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
107	NC_007385	AAAT	2	8	6815	6822	75 %	25 %	0 %	0 %	74314845
108	NC_007385	T	6	6	6852	6857	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
109	NC_007385	ACAT	2	8	6862	6869	50 %	25 %	0 %	25 %	74314845
110	NC_007385	T	6	6	6869	6874	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
111	NC_007385	AAG	2	6	6895	6900	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	74314845
112	NC_007385	AT	4	8	6982	6989	50 %	50 %	0 %	0 %	74314845
113	NC_007385	ATA	2	6	7094	7099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314845
114	NC_007385	TAT	2	6	7116	7121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	74314845
115	NC_007385	T	6	6	7154	7159	0 %	100 %	0 %	0 %	74314845
116	NC_007385	TTTA	2	8	7186	7193	25 %	75 %	0 %	0 %	74314845
117	NC_007385	ATC	2	6	7639	7644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314846
118	NC_007385	CTT	2	6	7789	7794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74314846
119	NC_007385	TAA	2	6	7842	7847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314846
120	NC_007385	CTGAT	2	10	7869	7878	20 %	40 %	20 %	20 %	74314846
121	NC_007385	ATA	2	6	7982	7987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	74314846
122	NC_007385	CAA	2	6	8054	8059	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	74314846
123	NC_007385	CATG	2	8	8089	8096	25 %	25 %	25 %	25 %	74314846
124	NC_007385	A	7	7	8150	8156	100 %	0 %	0 %	0 %	74314846
125	NC_007385	AT	3	6	8162	8167	50 %	50 %	0 %	0 %	74314846
126	NC_007385	AT	3	6	8237	8242	50 %	50 %	0 %	0 %	74314846
127	NC_007385	T	6	6	8338	8343	0 %	100 %	0 %	0 %	74314846
128	NC_007385	CAG	2	6	8563	8568	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314847
129	NC_007385	TTC	2	6	8669	8674	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74314847
130	NC_007385	GCC	2	6	8696	8701	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74314847
131	NC_007385	CCTG	2	8	8835	8842	0 %	25 %	25 %	50 %	74314847
132	NC_007385	TGCTG	2	10	8862	8871	0 %	40 %	40 %	20 %	74314847
133	NC_007385	GAC	3	9	8898	8906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314847
134	NC_007385	CCA	2	6	8949	8954	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	74314847
135	NC_007385	GTT	2	6	8964	8969	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74314847
136	NC_007385	GC	3	6	9025	9030	0 %	0 %	50 %	50 %	74314847
137	NC_007385	TA	3	6	9401	9406	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
138	NC_007385	TCAT	2	8	9445	9452	25 %	50 %	0 %	25 %	74314848
139	NC_007385	TCA	2	6	9481	9486	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314848
140	NC_007385	A	6	6	9494	9499	100 %	0 %	0 %	0 %	74314848
141	NC_007385	AT	3	6	9553	9558	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
142	NC_007385	TGC	2	6	9566	9571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314848
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144	NC_007385	TGA	2	6	9606	9611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314848
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146	NC_007385	TTG	2	6	9729	9734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	74314848
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148	NC_007385	TCTT	2	8	9784	9791	0 %	75 %	0 %	25 %	74314848
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150	NC_007385	T	6	6	9912	9917	0 %	100 %	0 %	0 %	74314848
151	NC_007385	TA	4	8	9920	9927	50 %	50 %	0 %	0 %	74314848
152	NC_007385	ATTTT	2	10	9967	9976	20 %	80 %	0 %	0 %	74314848
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155	NC_007385	AC	3	6	10693	10698	50 %	0 %	0 %	50 %	74314849
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157	NC_007385	ATGCTG	2	12	10729	10740	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	74314849
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270	NC_007385	AAAT	2	8	18864	18871	75 %	25 %	0 %	0 %	74314861
271	NC_007385	ATG	2	6	18930	18935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314861
272	NC_007385	A	8	8	18936	18943	100 %	0 %	0 %	0 %	74314861
273	NC_007385	GGT	2	6	18958	18963	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74314861
274	NC_007385	TGC	2	6	19078	19083	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314861
275	NC_007385	ATC	2	6	19098	19103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	74314861
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277	NC_007385	T	6	6	19217	19222	0 %	100 %	0 %	0 %	74314861
278	NC_007385	AT	3	6	19237	19242	50 %	50 %	0 %	0 %	74314861
279	NC_007385	TGA	2	6	19304	19309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	74314861
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281	NC_007385	TGC	2	6	19973	19978	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	74314862
282	NC_007385	GCA	2	6	20026	20031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	74314862
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284	NC_007385	GCAG	2	8	20114	20121	25 %	0 %	50 %	25 %	74314862
285	NC_007385	TCC	2	6	20134	20139	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	74314862
286	NC_007385	GTG	2	6	20266	20271	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	74314863
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292	NC_007385	GCCT	2	8	20508	20515	0 %	25 %	25 %	50 %	74314863
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294	NC_007385	GGCT	2	8	20606	20613	0 %	25 %	50 %	25 %	74314863
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300	NC_007385	CTT	2	6	20872	20877	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	74314863
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302	NC_007385	GGC	2	6	20999	21004	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	74314863
303	NC_007385	GCC	2	6	21959	21964	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	74314864
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